Den Rahmen der Handlung bilden die Tagebuchaufzeichnungen des Schiffsoffiziers Seblon, der den Matrosen Georges Querelle liebt, seine homosexuellen Neigungen jedoch hinter einer streng puritanischen Haltung zu verbergen versucht. Querelle verkörpert als skrupelloser Dieb, Mörder, Schmuggler und Freundesverräter den Typus des nach Genet absolut freien Menschen, der sich über alle Konventionen hinwegsetzt. Ihm steht als Gegentypus der Maurer Gil gegenüber, der sich trotz seiner Verbrechen an überkommenen Werten orieniert und dafür von Querelle an die Polizei ausgeliefert wird. Auch in anderen Figurenkonstellationen wird die Funktion bestimmter Normen, ihre Beliebigkeit und die schwierige Grenzziehung thematisiert. So verfliessen in der verwirrenden Beziehung zwischen der Bordellchefin Lysiane und dem Bruder Querelles die Grenzen zwischen Homound Heterosexualität.