Lyra is opgegroeid zonder haar ware identiteit te kennen. Ze leeft in een wereld die op die van ons lijkt, maar er zijn huiveringwekkende verschillen. Zo raakt ze betrokken bij de ontvoering van kinderen die gebruikt worden voor experimenten in de poolstreek. Achtervolgd, verraden en meer dan eens aan zichzelf overgeleverd, leert Lyra intussen hoe ze met het gouden kompas om moet gaan. Alleen met dit mysterieuze instrument kan ze de waarheid achterhalen...