1582 wartet Raimundo Randa im Alkazar vn Antigua auf seinen Prozess vor der heiligen Inquisition. Während er wartet, erzählt er seiner Tochter von seinem Leben voller Gefahren und dem Geheimnis, das er hütet.

2004 verschwindet in Antigua eine prominente amerikanische Wissenschaftlerin. Kurz zuvor hat sie dem Kryptologen David vier Fragmente eines Pergaments geschickt. In größter Sorge machen sich der junge Mann und ihre Tochter Rachel daran, dessen Botschaft zu entschlüsseln. Doch sie sind nicht die einzigen, die den Code von Babylon knacken wollen.