Im Zentrum des Romans steht die Geschichte des Biologen Frank Andersen, dessen Ehe nach dem Tod seiner Tochter in die Brüche geht. Er befindet sich am Ende einer ausgedehnten Forschungsreise, als er beschließt, noch einen Zwischenstopp auf der Fidschiinsel Taveuni zu machen. Dort trifft Frank mit vielen interessanten Menschen zusammen und unterhält sich mit ihnen über Das Wunder des Lebens. Jeder hat seine eigene Sicht davon, doch keine Deutung -- sei sie naturwissenschaftlich, philosophisch, ökologisch oder magisch -- kann vollständig überzeugen. Mit dieser zentralen Schilderung um den Biologen Frank Andersen sind weitere, aus wechselnden Perspektiven erzählte Geschichten verwoben. Allmählich vermischen sich reale und imaginäre Welten. Am Ende ist nur noch eines klar: Es gibt keinen Anfang und kein Ende.

Gaarder geht in seinem Roman einfachen Fragen nach: "Was sind wir?", "Woher kommen wir?" und "Wohin gehen wir?". Er weiß keine abschließende Antwort darauf. Glücklicherweise, denn was wäre eine Welt ohne Fragen und damit ohne Geheimnisse. Sind sie doch der Motor allen Lebens. Gaarder erklärt aber Zusammenhänge und wirft damit gleichzeitig neue Fragen auf. So zieht er den Leser nicht nur in den Bann, sondern schafft auch ein tieferes Verständnis für Das Wunder des Lebens und regt zum Nach- und Weiterdenken an.

Jostein Gaarder legt eine wissenschafts- bzw. evolutionsgeschichtliche wie auch philosophische Darstellung vor. Maya ist aber ebenso ein Plädoyer für Liebe und Fantasie als treibende Kräfte des Lebens. Denn für Gaarder kann die Naturwissenschaft zwar erklären, doch erst Liebe und Fantasie geben einen tieferen Sinn.