I juli 1862 anländer en grupp konstnärer från London till Birchwood Manor på engelska landsbygden. Under ledning av den karismatiske Edward Radcliffe ser de framför sig en inspirerande och kreativ vistelse, men när sommaren är slut är en kvinna mördad och en annan försvunnen.
Över hundrafemtio år senare hittar den unga arkivarien Elodie Winslow en sliten väska på sitt arbete. Den innehåller ett foto av en vacker kvinna och en teckning som föreställer ett gammalt hus. Hon känner en omedelbar dragning till både kvinnan och huset, och blir närmast besatt av att ta reda på mer om dem och varför de verkar så bekanta.
Klockmakarens dotter är en myllrande roman om olösta gåtor, storslagen kärlek och trådar som löper genom historien.