Jason Bourne redt een onbekende drenkeling uit een ijskoud meer. Eenmaal op het droge ziet Bourne dat de man hevig bloedt uit een schotwond. Als de man bijkomt kan hij zich niets herinneren; niet wie hij is of waarom hij is neergeschoten. Dit doet Jason Bourne denken aan zijn eigen verleden.
Ondertussen is Mossad-agent Rebeka zo vastberaden deze man te vinden dat ze haar baan en zelfs haar leven ervoor op het spel zet. En bij Treadstone is een nieuwe agent aan het werk gegaan, maar is hij wel te vertrouwen? Alles lijkt te draaien om de mysterieuze man met geheugenverlies. Zal Bourne op tijd achter zijn identiteit komen, of zijn anderen hem voor?