Mystinen saari...
Hylätty orpokoti...
Merkillinen kokoelma vanhoja valokuvia...

Ja uskomaton tarina voi alkaa. Koko lapsuutensa ajan Jacob on saanut kuunnella isoisänsä Aben tarinoita eriskummallisista orpolapsista ja hirviöistä. Jacob lähtee kauhean tragedian jälkeen selvittämään, onko isoisän jutuissa mitään perää, ja matkustaa kaukaiselle saarelle Walesin edustalla. Hän löytää kuin löytääkin Neiti Peregrinen sodanaikaisen lastenkodin rauniot. Jacob tutkii hylättyjä makuuhuoneita ja käytäviä, ja vähitellen selviää, että sinne aikoinaan majoittuneet lapset saattoivat olla myös vaarallisia: heidät oli ilmeisesti viety kaukaiselle saarelle karanteeniin. Mutta miksi? Ja jotenkin - niin mahdotonta kuin se onkin - nuo lapset tuntuvat olevan yhä elossa...