Tom und Paul sind Studenten in Princeton. Sie beide brüten über ihrer Abschlussarbeit, wobei sie nur zwei Dinge unterscheiden: Tom schreibt über Mary Shelley, Paul über das fünfhundert Jahre alte kryptische Werk Hypnerotomachia Poliphili, außerdem hat Paul mit seiner Arbeit bereits im ersten Studienjahr begonnen.
Die beide wurden schon rasch Freunde in Princeston, doch was sie verbindet, trennt sie zugleich: das alte Buch. Toms kürzlich bei einem Unfall verstorbener Vater hatte sein Leben in den Dienst dieses Werkes und in die Hoffnung, es entschlüsseln zu können gelegt. Diese Besessenheit des Vaters ist es, was Tom an dem alten Buch zugleich fasziniert und abstößt, ebenso wie Paul immer sichtbarer in die Fußstapfen seines Vaters zu treten scheint. Als Tom bemerkt, dass das Hypnerotomachia Poliphili Paul und ihn zu verschlingen droht, zieht Tom im Gegensatz zu Paul die Notbremse. Doch damit ist das Unheil längst nicht gebremst, denn Paul macht Entdeckungen, die in fünfhundert Jahren niemand machte, und schließlich gelingt es ihm, den Code des alten Buches zu knacken. Doch die Tatsache, dass es undenkbar scheint, dass ein Student ein Mysterium enträtselt, mit dem sich Wissenschaftler schon Jahrzehnte und Jahrhunderte befassen, macht es Pauls Neidern nur zu leicht, ihm Steine in den Weg zu legen und zu versuchen, ihn aus dem Weg zu räumen, um die Entdeckungen als die eigenen zu publizieren.

„Das letzte Geheimnis“ ist ein unheimlich sorgfältig geschriebenes Buch, ein intelligentes, das einigen Anspruch an seine Leser stellt. Wer nach einem klassischen Thriller sucht, wird wohl enttäuscht von diesem Werk sein, denn die Lektüre gestaltet sich gänzlich anders.
Die gesamte Geschichte wird aus der Sicht von Tom in der ersten Person geschildert, was bereits ein wenig ungewöhnlich für einen Thriller ist. Bereits nach mehreren Seiten werden jedoch auch Leser, denen der Erzählstil der ersten Person grundsätzlich nicht zusagen mag erkennen, dass selbst mit dieser Perspektive vorsichtig umgegangen wurde.

Die Handlung konzentriert sich nicht allein auf die Dekodierung des Buches. Viel mehr Raum nimmt das Ganze ein, die Umgebung, das, in das die Bemühungen von Paul eingebettet wurden. Dieses Buch ist eine Geschichte der Entwicklung und der Erlebnisse von Tom und Paul. Es ist eine Zeit der Reife, die auch Toms und Pauls Freunde Gil und Charlie einbeziehen. Das Buch erzählt von einer Zeit der Wandlungen – ein rätselhaftes Buch, das plötzlich sein Geheimnis preisgibt, das von einem leidenschaftlichen Mann aus der Zeit des Humanismus berichtet; ein Geheimnis, das die gesamte Geschichte zu verändern vermag, weil längst verschollen geglaubte Schriften und Kunstwerke wieder auftreten können; die Veränderung an der Universität von Princeton, in der elitäre und eher steife Traditionen neuen Energien und Unkonventionalität weichen müssen; die Veränderung junger Studenten hin zu gereiften jungen Männern; die Verarbeitung von Trauer durch den Blick zurück und den noch viel wichtigeren Blick nach vorn – all das haben die Autoren in diesen Roman gebettet. Es entstand eine Geschichte voller Wandel, voller Gefühl und Leidenschaft für die Wissenschaft, dass man sich automatisch mitreißen lässt – von den zarten Szenen studentischer Liebe über die Leidenschaft für die Forschung bis hin zu Verbitterung und Hass, die aus Versagensgefühlen heraus geboren werden.